这次的游戏讲述了两个少年受到电视节目的影响去寻找传说中的口袋妖怪，从此踏上口袋训练师之路的故事。
伴随开场音乐出场的是七釜户博士，听完开场介绍后会进行说明“そうさほうほうって””ぼうけん”とは？””だいようぶ！”，注意选了第一项键位说明后中途会出现一个触摸屏测试，请点红色的“是”。第二项是说明，选择最后的不要紧——之后下屏出现一个精灵球，点击中间的按钮，跳出小卡比兽，博士会进一步说明，接下来就是主角选择了~~~按照自己的初衷，钻石版男主角，起好名字后点击下屏右上角的淡紫色按钮おわり完成，接下来给劲敌起名字，注意可以选择最上方的自主命名，也可以选择下面的那些规定好的名字，OK，游戏开始了！
正在家中看电视的主角，节目演完了，来到楼下同妈妈打招呼后得知劲敌正在等待自己，刚要出门却又被老妈叫出，要小心草丛中出现的怪兽哦！按X打开背包查看一下菜单和随身携带的道具吧~~~接下来就可以出门了，来到村子左上方劲敌的家，刚要进门就被匆匆出来的他撞个满怀，“想嬴我还要等100万年呢！”刚撂下这句话的他似乎又想起了什么，匆匆跑回了屋子，跟着他一起进去看看吧。同伯母打过招呼后来到二楼，看到禁敌正在对着自己的电脑，看到主角出现他竟然撇下一句“想赢我还早1000万年！”又跑掉了，哎，真是个冲动的小子。走出房屋，来到寸口，看到正在村口等候的劲敌，这个家伙看来也是受了电视节目的影响出来找传说中的怪兽了，既然大家有相同的目标，就一起出发吧！刚要走进草丛想起老妈的警告，没办法，先向左边的神事湖进发！从缺口处来到湖边，看到博士和他的孙女，博士正在给她讲解着关于新奥地区怪兽的事情。当两人离开后，主角和劲敌来到湖边——呀，这里的箱子是？正当两人接近箱子时，怪兽突然出现！刻不容缓，打开箱子，我亲爱的火猴啊，终于与你见面了！处女战，开始！对手是LV2的胖胖翁，注意使用下屏的点击来选择攻击指令，第一战比较简单就获胜了~~~战斗完毕后女主角赶到，看到被打开的箱子她非常生气，而且被主角选用的小火猴也不肯回到箱子里了，女主角没办法，带着箱子离开了。可是看到主角拥有了怪兽劲敌十分不服气，拉着主角也离开了湖边。来到村口，看到正在这里的博士和女主角，得知主角使用了小火猴后博士沉吟了一声便离开了“小火猴吗……”女主角见状让两人也来一趟研究所后追了上去。
回到家中，同妈妈对话后妈妈把加速鞋交给了主角，哦也，以后就可以在大地图上加速奔跑了——注意这次在屋里也可以跑动哦！按住B键就OK了~~~这时就可以开始自由移动了！还是先去找博士吧，走出村庄，这次有了自己的怪兽就可以进入右边的草丛了，这里会出现胖胖翁和丸鼠，可以稍微练练级，注意HP。一路向右来到新的城市，看到女主角正在研究所门口等着。两人对话后刚要进入研究所，又被匆匆闯出的劲敌撞个满怀，他到底在急什么……进入研究所与博士对话后正式获得小火猴！之后博士把怪兽图鉴交给了主角，接下来就由作为导游小姐的女主角来向主角介绍口袋世界的各个建筑设施的用途了：恢复怪兽体力的口袋中心，贩卖各种道具的商店，这时女主角突然想起来让主角赶快去博士的研究所，似乎有急事，——此时继续向上走会被拦路的女主角挡住，说让主角回趟家，好吧，回家和老妈对话获得ぼうけんノート，这时劲敌的母亲也赶了过来，得知两人要出发旅行时把おとどけもの交给了主角，让他转交给劲敌。OK，家里的事情也交代完毕，可以安心去冒险了！再次来到女主角拦路的草坪，女主角会向主角演示如何捕获怪兽——顺便注意下道具的使用方法哦~~~之后会收到女主角的5个精灵球作为礼物。之后的道路就需要自己走了——注意，从此后会在道路上出现挑战的训练师，所以稍微练练级吧~~~
沿202号道路前进，打败了几位路上的精灵训练员后来到长寿市，刚进入城市就迎来了女主角，似乎劲敌也在这个城市中。果然，在精灵中心左边的学校里找到了正在黑板前听课的劲敌，跟他对话把他家的钥匙交还给他，作为感谢，主角也从劲敌处获得了地图，在学校右边的训练场上可以与训练师对战，这一对男女对手使用怪兽都是LV6的凯西，战胜2人后与男训练员说话就可获得技能训练机10，就是可以学凯西的觉醒了。走出学校，从市中心的人的嘴里得知城市里有三个人会给你对奖券——在商店门口有一个小丑，跟他对话选择是将可以获得口袋手表的对奖券1；水池上方大厦门口处的小丑，也选是，获得对奖券3，最后一张在城市左侧飘红旗的大楼门口的小丑手里，同样也是选是就可以获得了。三张奖券入手，回到商店左边的那个人处，跟他对话就可以获得新的冒险工具口袋手表了！这时下屏会显示为时钟界面哦~~~顺便说一声，GTS就在这个城市，不过似乎现在还在修建，有个女的拦着不让进入。在商店正上方的房间中可以得到先制之爪。
向城市左边进发，在通向218道路的关卡处同左边的大叔对话可获得破钓竿，不过貌似很难钓到东西……钓上来的也只是鲤鱼王……左边的水路暂时通不过去；回到城市向上出城路上有些训练员可以进行挑战，不过上面的那个洞穴里的岩石暂时还没有拿到碎石无法破坏，所以还是先去找其他道路吧——另外洞穴前的那片草地里是有玫瑰的最初形态的，喜欢玫瑰的可以抓一只，另外，由于第一道馆是地面系的，使用草系会有相当大的帮助，建议培养哦；向右走出城会再次见到劲敌，注意提前去中心回复一下，这次是劲敌的首次挑战，使用的是LV7的胖胖翁和LV9的企鹅（而且战斗中劲敌会亲自上场助威哦~~~），被打败的劲敌很不服气地跑走了，继续我们的旅行！这里的草地上有精灵球和驱虫剂，水池里可以钓到鲤鱼王；建议这里稍微练下级，尤其是猴子最好尽快到14级进化学会格斗系的招式以对抗即将进入的洞穴及后面的道馆战。从右边的洞口中进入山洞，在洞内的大叔会把技能训练机06碎石交给你——如果身上暂时没有能够学习该技能的怪兽请就地取材，洞穴里遍地都是的小拳石可以习得，然后再这个洞穴的二层可以拣到星砂、技能训练机07，另外在二层的地面上有可达鸭出现……
走出洞穴来到黑金市，被一个男孩一路拉到了道馆门前，看到已经在这里等待的劲敌，看来他已经捷足先登了呢~~~不过似乎道馆首领此时并不在……从城市下方进入矿场，在洞穴深处终于找到了带红色帽子的工头兼道馆首领，刚与他对话就看到他使用碎石破坏了眼前的岩石……带着眼镜的暴力男……找到他以后就可以离开洞穴了——在这个洞穴里可以拣到回复药、出洞绳和战斗时防御提升胶囊，可以使用出洞绳来脱出洞穴；回到地面，发现道馆门口的劲敌已经不在了，说明馆主回来了，去口袋中心回复一下，开始第一次道馆挑战！
[Page]第一个道馆训练员使用PM：
LV10小拳石、LV8小拳石+LV7大岩蛇
馆主：LV12小拳石+LV12大岩蛇+LV14化石龙
打败岩石系道馆，煤炭徽章正式入手！同时获得技能训练机……76？！到底有多少技能训练机？！
挑战道馆完毕，可以在城市里先转转，有个房间里有个女的可以用凯西和玩家交换腕力——腕力可以在城市正上方的那片草地里抓到，至于换不换就看玩家自己的选择了（顺便说一下，交换画面真的很酷），城市上面的泥流处暂时过不去，等到后面获得了单车再吧~~~正当要返回长寿市时，刚走到洞穴门口冒失的劲敌又一头冲过来，看来207号道路他暂时过不去了，还是先返回吧~~~
回到长寿市，这时GTS已经可以进入了，不妨去参观一下；向上走，本想去先前被岩石阻拦的地方，却先看到了博士和女主角，以及和他们一起的两个陌生人。刚一对话便进入战斗，男女主角首次并肩作战！被打败的两人匆匆逃走了。博士告诉主角那是邪恶组织银河团，他们似乎在计划着什么。博士刚走，一个胖子来把アクセサリーいれ交给了主角——看起来是选美用的东西哦。上行再次进入洞穴，使用碎石破坏掉堵路的岩石，洞内可以获得技能训练机39，从右侧出洞后来到204号道路，这里有睡眠药、技能训练机09。
沿着204号道路来到索诺镇，呃……好熟悉的景象，看到那么多花圃也该想到这里的设施了吧，没错，花店……在门口栽了两排树的就是花店，可以获得果实01、07和水壶。另外——在左上角的树丛又看到了银河团二人组在密谋着什么……这里没有道馆，向右来到205道路，路上有2、3号果实，不过在路上被一个找爸爸的小女孩叫住了，他的爸爸在哪里？先不要急着向上走，向右来到谷间发电厂，门口的是——银河团成员？开战！获胜后对手转身进入了发电厂，但是铁门被关闭了，没有钥匙暂时没办法进入，先走吧——左边的草丛里有水鼬和据说是乘龙未进化形态的蜗牛状怪兽……回到左边的索诺镇，到左上角的花圃处，刚才的银河团成员已经不见了，从他们让出的缺口处进入（874一下，这里居然是一个入口），来到白岱森林。一进来就看到他们又在胁迫某人，战斗！打败了银河团的主角收到了被救的人的谢礼——はつでんしょキ—和あまいミツ，拥有了发电厂的钥匙，这下可以进入发电厂了！回到发电厂，调查铁门用钥匙开启后顺利进入。眼前的几个银河团成员，啥也不用说了，一个个地摆平吧。最后的红头发女干事用的是LV14的蝙蝠+LV16的……肥蓝猫……打败了他们之后刚才的女孩终于来找到了自己的爸爸。
走出发电厂，回到205道路，桥上堵路的银河团成员已经消失了，继续上行，电松鼠终于在接下来的草丛中可以捕捉到了~~~路上还有攻击上升胶囊、精灵球、3、7号果实、较好回复药，另外，在上方进入森林前的小屋里跟女主人可以休息回复体力哦！回复后就从房屋左上的入口处进入白岱森林吧！一进森林，一个叫毛米的女性就和主角结伴而行，注意由于毛米的存在，在森林里的战斗都是双人战，毛米使用的怪兽是幸运蛋。森林很大，里面道具也不少：解毒药、麻痹药、超级球、恢复药、蜂蜜；带着毛米来到右上方的出口处，毛米非常感谢主角，道谢之后先离开了，这时候单人行动了可以回头去森林转转，这里也有不少怪兽可抓哦，褐兔子、蓑叶虫都在这里；走出白岱森林，再次回到205号道路，森林出口附近的池塘上方可以摘到1、3、7、7号果实，下方有伤药。同桥上钓鱼的几位大叔较量之后便来到下一站：白岱城。这里怎么好象也看得到银河团的身影？当然进入城市的第一件事自然是挑战道馆！来到这里的道馆，与门口的大叔对话后进入其中，眼前的景象不禁让主角大吃一惊，这里竟然是一个巨大的迷宫？这里的规矩是：必须找出隐藏在树丛中的4名训练师与之对话进行对战并取得胜利后方可出现馆主（其实就是考验玩家在3D图象下寻找隐藏在立体影象中的人物）。
第二道馆草系道馆战斗资料：
LV15的幼叶兽+LV15的玫瑰、LV14的小玫瑰+LV13的小玫瑰+LV15的小玫瑰、LV17的玫瑰
馆主资料：
LV19幼叶兽+LV19草龟+LV22老玫瑰（LV24的火猴使用威力60的火系物理攻击可秒杀）
获胜后获得草系徽章及技能训练机86。
从道馆出来，正当主角来到最上方的被被小树挡住的建筑门口时，一个黑衣金发女子收到博士的委托赶来把秘籍训练机01砍树交给了主角。获得了砍树就赶快让怪兽学会吧，砍断最上方建筑前挡路的小树，进入建筑物，又看到很多银河团的家伙！战斗！一路冲杀到顶楼的4F，见到了紫色头发的银河团干事又在威胁群众，杀！注意她的第二只怪兽会放毒让怪兽陷入毒状态；战胜后夺回了皮皮和兔子，大叔在表示感谢后也离开了。从大厦出来，右边的小道可以拣到技能训练机46；这个城市里还有卖中药的地方，就在银河团闹事的大厦右侧，而且在城市里还供奉着神兽的塑像哦！在口袋中心回复完毕后先到隔壁右边的民居访问一下，老爷爷会给你だんけんセット——以后将要在地下世界挖掘时使用的挖掘装备。接下来就是去拿游戏的另一个重要设备了——单车~~~口袋中心下方商店正上方的建筑就是这次的自行车行，进入一看——哦呀，这不是刚才救助的那位大叔吗？与之对话他为表感谢当然就以单车相许了——这次的单车可以通过按B键来改变档位，一个是加速挡，刚加速的时候比较慢，但后来就快了；一个是一直一个速度，根据需要来调整吧（而且这次骑车的姿势也很有趣哦，如果在中途停下来面朝下方的话可以看到主角是单脚着地支撑的）；接下来到下面的城市出口处于等候在这里的博士助手对话，如果你收集到的怪兽超过了30只（这个数目不确定）就可以获得学习装置。
拿到单车后，差不多也该告别这个城市了，向左回去的路暂时不能同行，如果从右边211道路走的话注意草丛中地面上有土堆的里面埋着人……一旦靠近就会诈尸一样地蹦出来……使用碎岩过桥后可以拣到技能训练机12，不过如果继续进入右边洞穴，里面的大石头暂时无法移动，所以还没办法继续通行——这个洞穴里有皮皮的最初形态出现；老老实实回到刚才的白岱市向下进发。206号道路是传说中的单车道，上面有不少可以交战的对手。一直来到最下面的城市玄关，与这里的女孩对话可以获得新的选美道具フラッグ；穿过206号道路，在207号道路的交界处遇到了女主角，在她的询问下需要选择“みぎ（右）”“ひだり（左）”，而无论选择哪边都会获得バトルサーチャー（挑战搜索机器），并且口袋手表都将新增ダウジングマシン坐标功能。告别了女主角，这里的环境非常熟悉啊，原来这里就是当初没有单车不能上行的地方呢~~~如果不慎掉下去了请骑单车冲上来——注意如果速度不对的话请按B键换档即可。继续沿着207号道路向右走，路上可以拣到较好的伤药；进入殿元山洞中，没走多远就碰到一个蓝头发男子，他是什么人？带着疑问向右走出山洞，这里是208号道路，可以拣到战斗中速度提升胶囊、精灵球、、16、17、18、20号果实*2、，同一个穿道馆服装的人对话还能获得かなめいし（重要的石头？）；另外，果实名人的家也就在这里哦~~~
经过长途跋涉，经过了208号道路的城市玄关，终于来到了下一个城市绿城！刚进城就看到一只兔子迎面跑来，原来是一个女孩的兔子不愿意回到精灵球了，不过，听她的话，似乎这里正在进行着选美大会？与马路中间一个戴着红帽子的员工对话，他会带主角来到华丽大赛的会场门口那位发型独特的女士是谁啊？和她对话后她便离开了。既然来了就去看看吧！没想到刚一进门就看到了已经换好装的女主角和妈妈？！女主角进去参赛了，妈妈把物品交给主角也先回家了。又剩自己了，先去和前面柜台前的男士对话一下他就会进去参赛了，现在如果有兴趣的话也可以试试华丽大赛了~~~不过不要耽误了行程哦——顺便说一声，商店左边的房间里可以制作面包~~~稍微休息一下赶快去挑战道馆吧！道馆在绿城的右上方，不过似乎现在馆主不在的样子……上方的狩猎区还没有开放，没办法了，先从刚才城市下方向右走吧！谁知正当主角来到城市下方时再次遭遇劲敌，开战！这次他已经培养的怪兽是LV19的胖胖翁+LV20的火马+LV21的……猫头企鹅+LV20的玫瑰。打败了劲敌，右侧通向209道路的玄关也开启了，出发吧。
在209号道路上，与桥头钓鱼的大叔对话可以获得较好的鱼杆，而且可以拣到蜂蜜、战斗时命中上升胶囊、技能训练机47、HP增加剂、2、6、16*2号果实，尤其在湖边……看到一只皮卡丘可以与之对战？！（原来是COSPLAY的训练师……刚看到的时候吓我一跳）路上回看到一口枯井，可以把先前获得的那块重要的石头放进去，不过暂时不知道有什么用途……调查那片有楼梯通向的沙地可以获得蘑菇；本作的墓塔就坐落在这里，不过里面对手不少，最好先去上面的城市回复一下再来，在里面可以获得まんまるいし（真丸石）、复活药、技能27，与顶层的老人对话可以获得きよめのおふだ（清札）以及秘籍训练机04号怪力。
[Page]终于结束了209号道路的旅途，来到了新的目的地花蕊镇，这里的人的装扮和镇的名字真是相去甚远……全西部牛仔打扮，连女的都不例外……在商店左边种植着8、11、18*2号果实；这个城市虽然没有道馆，但是却有着精灵饲育屋哦，想生蛋的，想让怪兽自己成长的就寄放在这里吧~~~稍做休息继续向上来到210号道路，5*2、16、20号果实可以在路口附近获得，幸运蛋就出现在这里的草丛中（自己失手打死了……会心……），与一个悬崖边的女人对话可以获得技能51，此外还能拣到超级球；来到209号上方的餐厅，同这里的服务员及吃饭的顾客对话可以进行对战，另外这里可以买到物美价廉的某某牌牛奶（可回复体力）。与209号道路右侧相接的是215号道路，这里又是一个终日下雨的地方，路上可以拣到PP回复、3、17号果实*2、12、13号果实、エフェクトガート和こぶしのプレート（拳板）、技能34、万能药；与桥上穿道馆服装的人对话可得训练机66；要小心最后出现的一对2V2，两人的配合比较厉害。另外这里的草丛里有超能系勇吉拉出没，如果身上没有能对抗接下来的格斗系道馆的怪兽的话不妨捕获一只稍微培养后待用。
穿过215号道路尽头处的玄关，来到了新的城市户张市——算是中心城市吧，所以设施也是最齐全的，百货商场、游戏中心都在这里，不过怎么这里也出现了银河团，看来恶战是避免不了了，先去城里转转吧！左下方并排的两间屋子里，左边有个女的需要マサージ来进行怪兽交换，而右边房间里的小丑会和玩家玩猜左右的游戏，完全凭运气的，蒙吧，至少蒙对一次，他会把游戏中心需要的コインケース代币盒送给你的正当主角来到道馆门口时，意外地发现女主角也在这里，她也是来挑战的吗？还好没有开战……进入道馆，一看这阵势就明白这次的主题是格斗了，9位穿道服的训练员等着呢，上吧！这个道馆的破解关键在于地面上的那些屏障，注意从左右边推动使缺口打开方可出现到达首领处的道路（提示：先把左边的路推出来，去推动中间最上面那块；再把右边的路推出来，再推动中间上面第二块，最后从中间的路去首领那里）。
第三格斗系道馆资料：
LV26豪力+LV26愈加猴、LV25豪力*3、LV28愈加猴、LV25豪力+LV25腕力+LV25豪力
馆主资料：
LV27愈加猴+LV27豪力+LV30鲁卡里奥
获胜后获得格斗徽章以及技能训练机60。
一出道馆门又看到女主角，是不是用阴魂不散来形容会合适一些……看到主角已经进行完毕道馆挑战，她告诉主角又有新的情况了，赶快前往银河团大楼！事不宜迟，来到城市最上面，看到女主角已经跟银河团的两人对上了，赶快帮忙！上前对话后进入战斗。被打败的两人跑进了大楼，既然女主角交代了这是博士的指令，那么就去追击吧！进入仓库里，但是没有开门的钥匙暂时无法进入，先在旁边的地上获得秘籍02飞天，以后来去到过的城市就方便了~~~另外在城市右侧的另一座大厦左边有提升PP值的药可以拣到。失去了银河团的线索，还是继续冒险，从绿城向下来到212号道路，这里可以获得的物品有：大蘑菇、HP全回复药、战斗特防上升胶囊、大树根、麻痹药、1、2、10、21号果实；一路向下便来到了律诗湖畔，不过这里真的感觉好空，蓝色的建筑物是最大的特点——一个坐满双人的屋子里与每桌人对话选择“是”可以进行双人对战，出了这个房屋以后一直向下走，注意那个挡路的建筑是可以进去的，是个比较不明显的后门……跟里面的门卫对话可以回复体力，出来后能拣到一块红色碎片，不过这里暂时没有其他什么了，走出玄关，向下面的213号道路的海岸线出发！213号道路海岸附近有不少对手可以挑战，向左走的一间小房子里的胖子可以帮你检查排位第一的怪兽和你的亲密度；海岸上可以获得的物品有技能训练机40（燕返哦）、04*2、14、15号果实。
穿过213号道路左尽头的玄关，眼前就是下一站野濑市了。进城后先与不远处一个穿紫衣服打紫伞的女的对话一下，她会给你一样选美道具，而且……貌似麻烦的银河团也在这里出现了……银河团员附近的建筑就是本作的野生狩猎区，将来的GBA联动也在此进行，门票一如既往地收费500，30个精灵球，限时捕获，可选择命令为投球、喂食、逃跑、扔泥巴；城市左下方的房间可以获得果实，不知道是不是每天都可以；城市里可以获得8、18号果实*2；全部准备完毕后向这里的道馆发起挑战！这里道馆的主题是关于水面的升降，地面上黄色机关的作用是使水面下降，绿色和兰色的是使水面上升（上升幅度不同）——水面上升可使黄色的浮板飘起允许主角通过，而主角不能直接通过有水的地方。当然这里就是水系道馆了。
水系道馆训练员资料：
LV26水鼬、LV26小鲇鱼、LV24海鸥*2、LV24小水鼠+LV24水鼠、LV22角金鱼+LV24暴鲤龙+LV23小鲇鱼、LV24小乘龙*2+LV24海鸥
馆主资料：
LV27暴鲤龙+LV27沼王+LV30大水鼬
获胜后获得水系徽章以及技能训练机55。
终于又取得了一枚宝贵的徽章了，告别了野濑市，继续向右进入终日下雨的212号道路，又有不少训练师等待着挑战，这里可以获得：技能训练机06、62、解毒剂、大蘑菇、复活药、PP回复、特防增加剂、特攻上升胶囊、3、20*3号果实，另外有一根独木桥状的木杆需要踩单车才能通过；路上不少需要砍树才能通过的地方，别忘了带上相应技能的怪兽；注意路上的沼泽地带，踩单车是过不去的，只能步行，而且走几步会陷入泥中，需要快速按方向键就会自己跳起来再继续移动；后期草地很多，如果不想走两步就打一场的话请提前准备好驱虫剂；在212号道路尽头处有一所精灵学院，附近可以收获到技能训练机11、5、10号果实，精灵学院内部暂时不知道隐藏着什么，不过有些好东西可以拣一拣：超级球、与左边第二个房间的女仆对话可以获得安闲铃铛、技能训练机87。从精灵学院左边的小道继续上行，就再次来到了那个空道馆的绿城，不过现在馆主依然在逃中……
没有别的事情了，还是去解决一下银河团的问题吧——不过户张市的两栋高度疑似银河团本部的大厦由于没有钥匙暂时无法进入……突然想起刚刚在野濑市也见到过银河团的身影？飞往野濑市，果然在野生狩猎区入口附近看到了鬼鬼祟祟的家伙，上前与之对话，他很惊恐地跑走了，看来有什么阴谋，追上去！在玄关门口再次质问他，鬼东西又跑掉了，偏偏这个时候劲敌又跑来要求较量，这家伙不分轻重么……LV26的胖胖翁+LV28的猫头企鹅+LV25的火马+LV25的玫瑰，对于主角来说应该比较容易摆平了。碍事的家伙处理掉了，继续追银河团，通过玄关来到213号道路，向右来到沙滩，再次见到银河团员，跑，接着跑，咱接着追，在律诗湖畔又见到了他，最后走投无路的他终于发起了攻击。战胜他后他终于交代了他们似乎对海水有着什么新的打算。看着被打败的家伙慢慢地走了，跟上去却发现那个曾经把秘籍训练机交给自己的神秘黑衣女子出现在眼前！她问主角是否在210号道路见到过生病的可达鸭？主角突然想起那个奇怪餐厅左边堵住道路的可达鸭！大概说的就是它们吧~~~于是女子便把ひでんのくすり（秘传之药）交给了主角。收到她的委托便去210号道路一趟吧。
飞到花蕊镇，一路向上便可以来到曾经路经的餐厅，果然堵路的可达鸭还在这里，和他们对话，把刚刚得到的秘传之药交给他们，得到药的可达鸭很高兴地离开了，这时神秘黑衣女子也赶到了，看到主角能够履行诺言她十分高兴，把こだいのおまもり古代的守护挂饰交给了主角，这个看起来十分古老而神秘的道具会有什么用呢？不过眼下已经有了新的道路，继续前进吧！接下来的道路上可以获得：较好的驱虫剂、大回复药、高级球。注意在这里前进一段后会出现迷雾天气，技能的命中率将降低很多，而且在地图上只能看到自己身边的小范围内的东西，小心前进。顺楼梯爬上山顶后向左走再下山，路上有不少对手等着挑战，可以拣到一个けむりだま烟球、2、10、12、14号果实。
终于穿越了视线严重障碍的迷雾区，眼前出现的是祥和的冠凤镇——不过比这祥和气氛更让人在意的就是哪两块石牌和站在中间的银河团员了……与左上角商店里的男人对话他会把ものしりメガネ分辨眼镜送给主角；与左下角的房屋里男子对话口袋手表将追加石英钟显示界面功能；在村庄中淘宝完毕就可以来到中间的洞前向烦人的银河团进行挑战了，两个石牌上的神兽造型预示了这里将发生的事情吗？打败了银河团以后一位老人来向主角表示了感谢，当她发现主角携带的古代守护时十分惊讶，原来这本是属于这里的东西，于是主角便很爽快地交还给了老人。进入洞穴，在最内部的墙上看到了三个奇特的壁画，老人来解释说，这三个标志是这里的神，从古代神话传说流传至今，它们是三个传说中的口袋妖怪，在这个镇子上流传着关于新奥地区守护神的传说。为了解开这个古老而神秘的传说之谜，老人把秘籍训练机03冲浪交给主角！冒险的范围再次扩大了！从洞穴出来，又碰到了曾经遇到的那个兰色头发的男子，他到底是敌是友？吩咐了主角几句后便离去了……稍微准备一下，冒险还将继续！走出冠凤镇向左进入211号道路，路口处有3、5、15、25号果实可以收获，悬崖上的一个女性与之对话后可以获得技能训练机77，这时如果进入左边的殿元山洞穴，虽然已经获得了秘籍04怪力，但由于还没拿到相应的徽章所以无法使用，道路仍然被全部堵死，没办法，还是改日再来吧。
冲浪到手，差不多该去绿城的无人道馆讨要徽章了，飞到绿城，来到右上方的道馆，哈，馆主果然已经回来了！升降梯正在等待着主角！乘上升降台开始道馆谜题——这个道馆是智力道馆，调查三扇门前的牌子会出现简单的算术题……真的是简单……第一道3乘5等于多少（左边是2，中间是 16，右边是5），第二道12+28，第三道3乘13，最后一题蒙吧（正确答案是15，为什么不明）……类似的，如果选择错误的话就会遇到训练师，战胜后退出房间继续选择，正确的话则进入下一阶段的题目。
鬼系道馆训练员资料：
LV27鬼斯+LV29鬼斯通、LV30梦妖、LV27鬼斯*3、LV28フワンテ（气球怪？）+LV28梦妖、LV30鬼斯通、LV28フワンテ*2、LV26鬼斯+LV28鬼斯通+LV30耿鬼、LV30梦妖+LV30南瓜头（气球怪进化）
馆主资料：
LV32南瓜头、LV36梦魇（梦妖进化）、LV34耿鬼
经过头脑和体力的较量，终于放倒了华丽的鬼系馆主，鬼系徽章入手的同时也收到了技能训练机65，冲浪使用可能。
[Page]刚走出道馆，黑衣女子再次出现，她告诉主角，想要对付银河团，只靠一个人的力量是远远不够的！为了磨练自己，赶快向美央市出发吧！飞行来到最初出发不久到达的长寿市，别忘了带上会游水的怪兽，然后就可以向左边进发了。穿过城市玄关来到218号水路，在港口处下水后游到对岸。这里可以获得的道具有：蜂蜜、4、8、11、20号果实，而且这里唯一的草地里会出现比较高等级的怪兽哦，可以练练级。进入城市玄关，看到正在这里等候的博士助手，他说知道主角要和银河团对抗，所以请多加油，另外给图鉴可以进行升级，之后便走了。进入美央城，这里是一个以水著名的港口城市，自然船埠是少不了的；商店下方民居内的女士会把训练机48交给主角；商店上方住着的是忘光光老爹，如果有需要让怪兽忘记技能的话就来找他了~~~在过吊桥前请先到口袋中心回复并保存游戏进度……因为冒失的劲敌会在你过桥的时候冲过来挑战……LV31的胖胖翁进化+LV35猫头企鹅+LV30怪力甲虫+LV32小火马+LV32玫瑰。获胜后他又很不服气地跑掉了。接下来就可以去挑战船埠附近的道馆了！造船的主要材料是钢，自然这里的道馆也延续了这个传统，而且升降台是这个道馆的特色！只要菜上地面上有“+”号标志的升降台，就会自动升起或下落或移动了，一直来到红色外框的十字标志处就可以见到馆主了。
钢系道馆训练员资料：
LV33大钢蛇、LV31大岩蛇、LV28大岩蛇*3、LV30蝎子+LV32大钢蛇、LV29大岩蛇*2、LV30大岩蛇+LV32大钢蛇、LV33大水鼠
馆主资料：
LV36ドーミラー（环型钢板怪？），LV39トリデプス（钢面龙进化），LV36大钢蛇
强力的攻击终于击破了钢铁的防御，获得钢铁徽章和技能训练机91，LV70以下怪兽控制可能，秘籍04怪力使用可能。
呃，一出道馆门就看到劲敌，还以为他不服输又来挑战了呢，他却急急忙忙地告诉主角赶快到城市图书馆来一趟，搞什么……先去回复一下，然后来到城市左上方的图书馆，上到三层，看到博士、女主角和劲敌都已经等候在这里了，原来是博士要对三个人的努力做出评价了，可怜的劲敌因为自己的怪兽还没有完全进化很是懊恼，但是作为口袋进化权威的博士告诉他们，在新奥地区有3片水域与怪兽的进化有很大的联系，三个要一起去解开这个谜题！女主角和劲敌被博士派往了远在北方的金岬市去做调查，而叫给主角的任务是前往律诗湖畔。正在这时发生了巨大的地动！赶快从图书馆出去吧，来到门口，博士说刚才的地动是自然界发生了巨大的异变，正在这时有船工跑来告诉大家律诗湖发生了意想不到的状况！事不宜迟，赶快行动起来，前往律诗湖！
从户张城一路向下来到律诗湖畔——注意了，不是进入城市，在城市之前的最后一片草地左下方有一个缺口，原本被两个人拦住的，现在已经消失了，从这里进入律诗湖畔。一进去看到的第一眼脑袋都大了……又是银河团……就知道跟你们拖不了干系……湖水已经干涸，地面上到处是泥溅跃的鲤鱼王……来到左边更是看到一堆鲤鱼王……为了拯救鲤鱼王，华丽地战！从下面的洞穴进入地下水洞穴，一个可疑的家伙正在这里，上去一问才知道，他也是银河团的干事之一！（哎，顺便问下，是不是今年都流行这种阿童木的发型啊……）打败他后终于知道了事情的真相：银河团为了得到沉睡在三大水域的神秘力量正在做邪恶的努力，为了获得这份力量他们将不择手段……——打完了别急着走，仔细看一下这里地面上的水的形状，很有特点的哦~~~
解决了这里的事件，不要耽误，现在已经可以使用怪力了，继续向地图最北方的金岬市出发！从离殿元山最近的冠凤镇出发向左进入山洞，提前准备好会怪力、碎石以及冲浪的怪兽，如果不想走几步就遇一次敌的话驱虫剂也是不可缺少的。进入地下2F会出现浓厚的迷雾，这里面可以拣到的物品有：星砂、发光黏土、PP值最大提升、复活药、柔软的沙子；如果不在乎这些物品的话也可以贴近左边的墙壁一直走到最上面尽头出然后再向右走就可以上楼梯了；从洞穴出来，到达寒冷的216号道路，这里飞舞着漫天的雪花，首先要注意地面的积雪的效果与沼泽无异，都会陷进去，需要动一动才能出来，而且这边的训练师的等级比较高，最好稍微练一练级再来通过；另外这种天气下作战时是作为冰雹天气来看待的，也就是说如果不是冰系怪兽的话每回合都会损失HP的。路上可以拣到冻伤药；在途中会有一个小屋可以提供住宿，体力全回复哦~~~使用方法是钻进那张床里的被窝，然后面朝下按A……与216号道路相连的是217号道路，一样的冰雪飞舞，区别是217号的暴风雪飞舞地更夸张了，路已经基本看不清了，最好是沿着树走，不容易走丢……这里的雪地里有一个防御增加剂和技能训练机07不要漏下了，尤其要注意的是靠左侧有一个小房子，房屋外面的后侧有一个精灵球，里面装的是秘籍训练机08ロッククライム这个一定要找到并带上！附近相对的右侧也有一个房屋，与里面的女人对话可以得到提升鬼系能力的のろいのおふだ，雪地里还隐藏着高级球。当终于穿过了冰雪和强力训练师的双重封锁后，终于来到了积雪的金岬市。在城市中，左上角的房屋里有女人用鬼斯通和你交换愈加王；不过这么冷的地方呆久了可不好，赶快整理一下去进行道馆挑战赛！既然是冰道馆当然主题离不开冰和雪了！同前作一样，道馆里的冰面在前面没有障碍或特殊地面前会一直向前滑行；而道馆内的雪球需要在离其一定距离的地方滑冲下来就可以将其撞破，因此，只要想办法把馆内中央的全部雪球都弄碎就可以见到馆主了（提示：先把左右两竖排弄碎，接下来对中间一排的采取横向分别各个击破，注意对准了再往下冲，OK）。
冰系道馆训练员资料：
LV37大水鼬+LV37狃拉、LV37纽拉+LV37毒刺水母、LV39冰雪树人、LV39沼王、LV35大嘴鸥+LV36哥达鸭+LV37大钢蛇、LV39冰雪树人
馆主资料：
LV38冰雪树人，LV42冰雪猿人（进化），LV38纽拉，LV40瑜珈王
用火猴在这里对付馆主的时候相当容易，无论是火系还是格斗系技能都比较省事，而选草龟的就要提前做好准备了，馆主的冰系技能相当厉害，而且战斗中还是冰雹天气。获胜后获得冰雪徽章和技能训练机72。
做完了道馆挑战，也该离开这个冰天雪地的世界了，不过这里开往精灵联盟的船暂时还不能开。仔细想想博士交待的三个地方已经有两处解决了——神事、英知、律诗三大湖，那么剩下的就是自己最初去的神事湖了。飞回家，来到最初故事开始的神事湖畔，果然看到了被绑架的博士和银河团！“快去救她！”看起来女主角也遇到危险了！向上穿过银河团的层层包围，来到被劫持的女主角的身边，一看她身边的人，又是她，红头发的银河团女干事玛苏，开战吧！打败她后，玛苏恼羞成怒了，“我们已经从律诗湖获得了重要的信息！我们一定会得到……”随后便消失了，三人一起思量着她的话——三处湖已经被破坏了两处，还有一处——也就意味着正在英知湖的劲敌有危险？赶快去查看！再次来到冰雪覆盖的金岬市，向左走来到英知湖入口，却看到正站在那里的银河团成员。果然出事了？进入一看，果然劲敌正被一个紫发女人缠住了，看到主角出现，她撇下了一句“我们不会做任何破坏，你们不要多管闲事”便离开了……可是她说的水里怪兽会显现出来是什么意思？劲敌觉得没什么也离开了，可是觉得事情没这么简单的主角乘着冲浪怪兽来到湖中间的洞里，又发现了神秘的水符……
看来和银河团决一胜负的时刻已经到了。还记得他们的本部吗？没错，户张城的大厦，就是这里。再次来到户张城，在右边的大厦门口雷达前看到一个正在自言自语的团员，上前打声招呼，没想到他竟然惊慌地逃跑了，而他丢在地上的正是主角需要的钥匙！获得钥匙后绕一圈来到大厦左边的那个小仓库，进入后银河团员身边的那个门调查一下就可以用刚刚获得的钥匙打开了~~~门口的暗之石やみのいし别忘了拣。进入地下仓库，这里的任务就不用说明了吧？全部放倒。顺楼梯来到另一栋建筑里，这里就是考验记忆力的瞬间转移装置地带了，踩上黄色的会被瞬间转移到其他地方，就看各位的记忆力了。在这里通过不断传送可以拣到特殊防御增加剂、技能36、技能49、技能21（须先拿到钥匙）；而在拣到技能36的附近还能够得到银河团的钥匙，这样就可以自由开启带有黄色G字符号的门了。取得钥匙以后从仓库出来再次来到右边银河团大厦，在黄色G字门前调查开门，和刚才的原则一样，全部摆平！顺便说声，这里也有有床的地方，使用方法不变，进被窝面朝下按A睡觉，体力全回复。一路杀到最深处，见到了那个蓝头发的男人，原来他竟然是银河团老大！多说无益，战。战胜BOSS后他竟然把大师球交给了主角。“希望你能找到自己的搭档……想要拯救水里的怪兽的力量在这里……”跟上他，通过唯一的传输器来到实验室，在最深处看到自己曾经战胜的那位干事正在操纵着巨大的机器，当主角询问他为什么要这么做时，他竟然说：为了向这个世界复仇……开战。战胜他后他终于做出了让步，而就在主角把机器关上时，三只神秘的怪兽消失了，他们又回到了属于各自的地方。不过，伴随着他们的消失银河团的计划也真的停止了吗？也许就象那个干部所说的，殿元山中还隐藏着他们最终的秘密。
匆匆赶往殿元山（上次是从211道路进入的，这次从207号的道路走），记得带上能学会新取得的08号秘籍攀岩及碎石、冲浪的怪兽，洞里可以获得攻击增加剂、HP全回复、技能80、复活药、防御增加剂（出洞）；在洞穴深处果然再次见到银河团！从洞穴中出来，又是漫天飞雪的地带，这里可以使用攀岩，当然想从下面绕也没问题……进入新的洞口后继续向上爬，打败银河团后出洞再爬……这里的迷宫线路不是很复杂，就看各位自己的方向感了，反复出洞入洞几次后终于杀到了殿元山顶的神殿遗址。来到深处，看到银河团老大和另外两位干事已经在这里了，正当主角上前时，伴随着从天而降的黑色光圈，神兽钻石兽现身！散发着黑色气息的它让世界昏暗了下来，整个世界的天空被怪异的光芒充斥着，恶战无法避免，上吧，和匆匆赶来的劲敌一起先放倒银河团二干事，看到眼前的景象劲敌很吃惊，不过胆小的他又跑掉了……这时，三个被放走的怪兽也出现在了钻石兽的周围，在他们的努力下钻石兽终于恢复了正常，随着钻石兽力量的正常化，三个怪兽又消失了，不过那个红色的家伙似乎对主角很有好感哦~~~（顺带说一下，看到这个剧情应该大致知道这次的三圣*是什么了吧，不过没想到是三圣蘑菇……三个湖每个里面有一只，除了那只红的喜欢跟主角全世界捉迷藏之外另外两只可以直接捕获——有没有想起金银里的水君？去寻找顽皮的小家伙吧！）“已经够了！”银河团的BOSS终于发话了，OK，对战！他的怪兽相当强，LV45的黑暗鸭进化、暴鲤龙、46叉字蝠、48纽拉王，非常棘手。终于获胜后三人消失了，这时博士和女主角赶到了，原来刚才跑走的劲敌去找了博士和女主角，告诉了他们事态的严重，看来要使世界恢复正常，彻底破坏掉银河团的阴谋只能与钻石兽战斗了。上吧！钻石兽仅此一只哦，还是抓起来收藏吧……LV47的神兽。战斗完毕后女主角拉着主角离开了。“谁的未来……谁的世界……一切什么都无法预料……”看着两人的背影，博士沉吟道。
好了，最终的道路开启了，从律诗湖开始向右出发吧！来到222号道路，12、13、14、23号果实*2、蜂蜜、速度增加剂；穿过城市玄关，进入最后的名木市，刚一进门就看到一个红发男子来欢迎自己，接下来就进入城市吧！右下角可以拣到雷之石；附近用攀岩能上去的房子中研究员会给你口袋手表的日历功能；从天桥上来到右下方的房子，坐电梯来到二层，与中间的男人对话后他便离开了——他就是这里的道馆首领，从这里的中间的那个嘹望镜可以看到对面被雾笼罩的第八道馆哦~~~OK，整理一下就进行道馆挑战吧！来到城市天桥的左上方，与门口的红发男子对话后就可以进入了！这个道馆的主题是旋转齿轮，踩有绿兰红色标志的齿轮中心就会是齿轮发生转动（兰色顺时针，绿色逆时针，红的旋转180度）——同时其他齿轮也会转动，所以如何产生通路就要靠不断的转动了。
电系道馆训练员资料：
LV44电松鼠、LV44蓝狮子、LV44吸盘魔偶、LV41皮卡丘*4、LV44雷丘、LV44勇吉拉+LV44雷丘、LV42蓝狮子+LV42胖鼠、LV44大钢蛇+LV44瑜珈王
馆主资料：
LV46雷丘+LV47双尾猴+LV47章鱼桶+LV49大蓝狮
[Page]三段进化最终形态的大蓝狮太帅了！战胜后获得电气徽章和技能57。终于圆满了！出道馆以后到海边同高度疑似金银里钢系首领的女孩对话获得秘籍07逆流，下一目标直指精灵联盟！先去拿上能学会逆流的怪兽——没有也不要紧，这附近的海面上很容易遇到毒刺水母能学，抓一个来就可以了，而且等级也不低。一路向上通过逆流后进入最终试练的洞穴。进入前请携带冲浪、攀岩、逆流、碎石、怪力的怪兽。这里比较大，容易迷路……能获得的物品有：异常状态回复药、技能41、PP全回复、技能59、升级药、するどいツメ、特防增加剂、技能79。注意洞里快到出口的那层有个地方暂时被堵着过不去，不是那边，换地方再找路；出洞后再使用冲浪+逆流就来到了最后决战地——精灵联盟！
注意如果还没有做好最后的准备之前不要靠近中间门前的那个人，劲敌会突然冲来发起挑战！算是四天王前的热身战！LV48的胖胖翁最终形态+LV50怪力甲虫+LV49玫瑰进化+LV51卡比+LV53水主角最终+LV49烈炎马；惨败的劲敌失望地走了，但他说自己也要为了挑战精灵联盟努力！向门口的人出示8枚训练馆徽章，正式开始最后的挑战！——提前准备好回复药，这次是虫地火超四大天王+冠军，获胜后一周目通关达成！
四天王资料
虫天王（绿色头发的男子）：
LV53毒蛾+LV53花蝶+LV57毒蝎+LV54怪力甲虫+LV54女王蜂
地天王（老太太）：
LV55沼王+LV55地震鲇鱼（会地裂）+LV56胡说树+LV59砂河马+LV56隆隆岩
火天王（出现在第八道馆的红发男子）
LV58烈炎马+LV57兔女郎+LV61火猴（地震闪电拳）+LV58气球怪（影分身+接力棒）+LV57钢蛇
超能天王（紫发阿姨）
LV59吸盘魔偶+LV63钢人+LV59麒麟奇+LV60愈加王+LV60胡地
冠军（神秘黑衣女子）
LV61ミカルグ（鬼盆栽，鬼+恶）+LV63鲁卡里奥+LV60水蜗牛+LV63美女蛇+VL60玫瑰进化+LV66ガブリアス（鬼龙）
PS：本人的通关阵容是LV61火猴+LV58勇吉拉+LV56玫瑰（未进化）+LV51钻石兽+LV46愈加王+LV40水母（后面两个是凑数的炮灰，负责换人的时候挡攻击的……）
终于打败了强大的冠军，冠军承认主角成为新奥地区新的冠军！乘坐升降台来到认证间，这时博士也赶到了，见到七釜户博士的冠军非常惊讶，原来两人早已相识。两人带着主角来到里屋，激动人心的时刻到了，把精灵球放上冠军认证台，经过机器的确认，主角终于成为了一流的口袋训练师，通关达成！
“少年哟，在这个神奇的世界里，许多未知的秘密正在等待着你来发觉，向着新的目标前进吧！”
——一周目剧情流程•终——